（一）申請市長獎的，應當是在當代科學技術前沿取得重大突破或者在科學技術發展中有卓越貢獻，或是在科學技術創新、科學技術成果轉化和高技術產業化中、創造巨大經濟效益或者社會效益的自然人。
（二）申請自然科學獎的，應當是在基礎研究和應用基礎研究中闡明自然現象、特征和規律，做出重要科學發現的自然人。申請項目僅限于在國內立項的科學研究成果，其代表性論文、論著公開發表時間2年以上（即2012年6月30日前發表），并要求每位完成人必須是代表性論文或論著的作者，且每篇代表性論文、論著的第一作者或通訊作者必須作為該項目的完成人。
（三）申請技術發明獎的，應當是運用科學技術知識做出產品、工藝、材料及其系統等重要技術發明的自然人。申請項目必須有已經獲得國家授權的發明專利，且推廣應用時間在2年以上（即2012年6月30日前已應用）。前3位完成人都必須是本項目授權知識產權的持有人之一（知識產權發明人少于3人除外）。
（四）申請科技進步獎的，應當是在應用推廣先進科學技術成果，完成重大科學技術工程、計劃、項目等方面做出突出貢獻的組織或者自然人。申請項目研究成果整體推廣應用時間在2年以上（即2012年6月30日前已應用）。對涉及有審批要求的項目，必須提交相應的行業許可批準證明材料（如：新藥、動植物新品種、食品、通信設備、醫療器械等），且獲得批準時間達到2年以上（即2012年6月30日前已獲得批準）。重大工程類項目要有國家、省或者市發改部門立項批文，并提交2012年6月30日前的工程竣工驗收報告。
（五）同一自然人同一年度只能作為一個申請項目的完成人參加市科學技術獎的申報。
（六）《深圳市科學技術獎勵辦法》和《深圳市科學技術獎勵辦法實施細則》規定的其他條件。